Restaurering
Realdania By & Byg købte Havnemesterboligen i Skagen for at bevare bygningen for eftertiden som et eksempel på tidens stil og Plesners særlige formåen. Efter overtagelsen af bygningen påbegyndtes en større restaurering for at bringe huset tilbage til sin oprindelige karakter og få den stil, som Plesner stod for, frem igen.
Den bygning, Realdania By & Byg overtog, var kraftigt forandret fra originalen både i stil, materialer, ruminddeling og håndværksmæssig udførelse. Under restaureringen blev samtlige nedhængte lofter fjernet, hvorefter de oprindelige lofter og stuk blev genskabt og overfladebehandlet med mosfarve. Det eksisterende tapet, glasvæv og grundpapir blev ligeledes fjernet fra samtlige vægge, hvorefter pudset blev repareret. Væggene fik efterfølgende påsat grundpapir og malet med silikatmaling i farver, der blev fremstillet på baggrund af en konservators farveafdækning. De gamle gulvplanker stod desværre ikke til at redde, og der blev i stedet lagt nye gulve af brede Douglasplanker, behandlet med lud og sæbe. Under gulvene blev etableret skjult fremføring af el- og vvs-installationer samt isoleret. De fleste døre kunne genbruges, men alle døre og andet indvendigt træværk blev sat i stand af snedkere og malet med linoliemaling.
Udvendig blev Havnemesterboligen bl.a. forsynet med nyt tag, ligesom facadens oprindelige fuger blev genskabt. For at genskabe de oprindelige fuger gennemførtes en række praktiske forsøg, bl.a. med indsamling af småsten på strandene ved Skagen, og det lykkedes at fremstille en fugemørtel, som i forhold til tilslag og farvetone fremstår som den oprindelige.
Bygningen var tillige oprindeligt opført med en speciel tagbelægning af falstagsten, der kun har været produceret i Danmark i en kort årrække omkring år 1900. Disse sten blev dog i slutningen af 1980'erne udskiftet med almindelige røde vingetegl, men det lykkedes at skaffe tagsten - stort set identisk med den oprindelige falstagsten - fra et tysk teglværk. Samtidig blev 20 nyere, uoriginale tagvinduer fjernet, så bygningen i dag kun har to oprindelige støbejernstagvinduer.